心配ありません。
揺さぶられっこ症候群は、「たかいたかい」などで急に落下させたり、頭部が激しく揺れるときなどに起きる現象です。
大人が赤ちゃんを抱っこして優しく揺らしながらあやすのと同じで、寝た状態で体全体を揺らすスウィング動作は問題ありません。