iPhoneのセキュリティ（生体認証やパスコード）を解除・無効化すると、ウォレットアプリに設定したカードはnanacoを含めすべて削除されます。
また、Apple IDをサインアウトした場合もnanacoは消えてしまいます。

Apple Payのnanacoはそのままサーバに保存されますので、iPhone/Apple Watchに再設定してご利用ください。